В прошлом местность, занимаемая Воронежской губернией, в церковных делах подчинена была отчасти Рязанской, а отчасти Крутицкой епархиям. Лишь во время царствования царя Федора Алексеевича, т. е. почти сто лет спустя с момента основания города Воронежа была учреждена самостоятельная Воронежская епархия.

    Большой Московский Собор 1666–1667 гг. принял решение о возведении Рязанской архиепископии в статус митрополии и создании в ее составе двух епархий – Тамбовской и Воронежской. Необходимость учреждения новой епархии в Воронеже подтвердил Московский Собор 1681–1682 гг.

    По указу царя Федора Алексеевича и по благословению Патриарха Иоакима 27 ноября 1681 года на новообразованную кафедру был избран игумен Макарьевского Унженского монастыря Митрофан, прославленный в дальнейшем в лике святых. 2 апреля 1682 года Патриарх Иоаким возглавил его хиротонию.

    Первоначально в состав Воронежской епархии вошли города: Воронеж, Елец, Костёнск и Орлов (входившие ранее в состав Рязанской епархии); Урыв, Коротояк и Землянск (Белгородская епархия). После завоевания в 1696 году Азова границы Воронежской епархии расширились в южном направлении до Азовского моря и на ее территории оказались новопостроенные города Таганрог и Павловская крепость (ныне г. Павловск Воронежской области). По личному распоряжению Петра I в 1699 году к ней были присоединены города, ранее относившиеся к Рязанской епархии: Усмань, Демшинск, Белоколодск и с. Мокрый Боерак. Впоследствии епархия расширялась путем присоединения территорий Белгородской епархии (в 1699 году – г. Острогожск); в 1718–1720 гг. – земли по рекам Дон и Хопёр; в 1720 году присоединена часть земель Рязанской епархии, а после 1749 года – Тамбовской и других окрестных епархий.

    В 1684–1692 гг. трудами святителя Митрофана в Воронеже был воздвигнут каменный кафедральный собор в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, построено значительное число приходских храмов.

По указу епископа Воронежского Феофилакта (Губанова) 31 мая 1745 года была учреждена Воронежская духовная семинария – старейшее учебное заведение Воронежского края. Епископ Воронежский и Елецкий Тихон (Соколов), будучи человеком образованным и радеющим о науках, за недолгое время своего управления епархией значительно укрепил и расширил деятельность семинарии. Он лично руководил духовной школой, вкладывал значительные средства в ее развитие: пригласил учителей из Киева и Харькова, начал создавать библиотеку, которая впоследствии стала одной из лучших среди духовных учебных заведений России.

    В 1831 году при ремонте Благовещенского собора были обретены мощи святителя Митрофана. Трудами архиепископа Воронежского Антония (Смирницкого) была подготовлена канонизация Архипастыря, которая состоялась в 1832 году.

    За время управления епархией архиепископом Антонием было построено множество новых храмов (в 1834–1846 годах – 63 храма), в Воронеже открыт Благовещенский Митрофанов мужской монастырь, основаны монашеские общины, ставшие позже известными обителями: Богородице-Тихонова в с. Тюнино (вблизи г. Задонска) и Белогорская Воскресенская (на берегу р. Дон, вблизи г. Павловска); восстановлен Дивногорский Успенский монастырь.

    С 1841 года в управлении епархией Правящим Архиереям оказывали помощь викарные епископы, имевшие титул «епископ Острогожский».

    В 1846 году при переустройстве храма в Задонском монастыре были обретены нетленные мощи святителя Тихона (Соколова), епископа Воронежского. Архиепископ Антоний свидетельствовал перед Святейшим Синодом о всенародном благоговейном почитании святителя и о множестве чудесных знамений по его молитвам. Своими трудами и личным участием владыка Антоний подготовил совершившееся вскоре после его кончины прославление епископа Тихона в лике святых.

    В 1909 году православное население епархии достигало 2 786 780 человек; действовало 1 096 храмов, из них соборных – 14, монастырских – 46, приходских – 863, приписных – 29, при казенных и богоугодных заведениях – 28 и кладбищенских – 14, а также пять молитвенных домов и 22 часовни.

    В августе 1918 года советская власть закрыла семинарию, реквизировала все ее имущество, уничтожила богатейшую библиотеку. Духовенство, преподаватели и воспитанники расформированной семинарии были подвергнуты преследованиям и репрессиям. Последним ректором семинарии был архимандрит Серафим (Соболев), впоследствии в архиерейском сане возглавивший учрежденную для русских эмигрантов в Болгарии епархию с титулом «епископ Богучарский» (по названию города в Воронежской области).

Период советской власти ознаменован разрушительным вмешательством государства в церковную жизнь – только в 1919 и 1920 гг. в епархии закрыли более 150 церквей. В последующие годы почти все храмы на территории епархии были закрыты, многие уничтожены. Большинство священнослужителей и монашествующих были репрессированы. К настоящему времени в лике святых новомучеников и исповедников прославлены три Правящих Архиерея Воронежской епархии – священномученики архиепископ Петр (Зверев), архиепископ Тихон (Никаноров) и архиепископ Захария (Лобов), а также более 20 приходских священников, монахов и мирян.

    С 1936 года в Воронежской епархии не было Правящего Архиерея. Если в середине 1930-х гг. в епархии действовали около 200 приходов, то к 1 января 1939 года – 16 храмов (три из них – в Воронеже), в июне 1941 года всего два храма – в с. Терновом Острогожского района и в с. Лесное Уколово (ныне в составе Белгородской области). За отсутствием архиерея приходы подчинялись непосредственно Патриаршему Местоблюстителю.

    В первой половине 1943 года, после полного освобождения Воронежской области от фашистских захватчиков, началось восстановление канонического церковного устройства: под началом временно управлявшего епархией епископа Курского и Белгородского Питирима (Свиридова) в некоторых приходах возобновляются богослужения.

    Март 1944 года можно считать временем начала возрождения Воронежской епархии. Правящим Архиереем был назначен епископ Иона (Орлов), получивший титул епископа Воронежского и Острогожского. Кафедра епископа была размещена при Никольском храме, который временно стал кафедральным собором епархии.

    В послевоенный период церковная жизнь в некоторой степени была восстановлена. Ревностно потрудился на благо Церкви в это время митрополит Иосиф (Орехов), управлявший епархией в 1945–1961 гг.

    В 1964 году по личной инициативе сотрудников городского краеведческого музея епископу Воронежскому и Липецкому Владимиру (Котлярову) были неофициально переданы мощи святителя Митрофана. Втайне от духовенства и народа они почивали в архиерейском домовом храме до дня их торжественного перенесения в Покровский кафедральный собор в 1989 году.

    В середине 1980-х гг. началось восстановление приходской и монастырской жизни. 4 ноября 1990 года была совершена первая после возрождения обители Божественная литургия в Алексиево-Акатовом монастыре, в июне 1994 года – в Толшевском Преображенском женском монастыре, в 1997 году возобновилась иноческая жизнь в Дивногорском Успенском мужском монастыре, в 1998 году – в Костомаровском в честь Нерукотворного образа Спасителя женском монастыре, 12 сентября 2004 года совершена первая Литургия в Воскресенском Белогорском мужском монастыре.

    На территории Алексиево-Акатова монастыря были перезахоронены с городских кладбищ останки Воронежских архипастырей: священномученика архиепископа Тихона (Никанорова), митрополита Пахомия (Шпаковского), митрополита Владимира (Шимковича), архиепископов Анастасия (Добрадина) и Серафима (Аретинского), епископов Арсения (Москвина) и Вениамина (Смирнова).

    В 1990 году был освящен памятный знак на месте массовых расстрелов репрессированных в пос. Дубовка под Воронежем. Позже подобные памятные знаки и поклонные кресты были установлены и в других населенных пунктах епархии.

    В июле 1993 года постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви было открыто Воронежское епархиальное духовное училище при храме Успения Пресвятой Богородицы. Постановлением Священного Синода 17 июля 1997 года училище было преобразовано в Воронежскую духовную семинарию. 4 марта 2000 года семинария переименована в Воронежскую православную духовную семинарию, в январе 2003 года получила статус высшего профессионального учебного заведения.

    В 1995 году в распоряжение Правящего Архиерея был передан земельный участок в Грибановском районе Воронежской области, на котором началось строительство Серафимо-Саровского мужского монастыря. Первые насельники появились в 1996 году. 1 августа 1998 года было совершено великое освящение монастырского храма во имя преподобного Серафима Саровского.

    В ноябре 1998 года состоялся первый в истории Воронежской епархии визит Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Предстоятель Русской Православной Церкви освятил закладной камень в основание строящегося Благовещенского собора, посетил Алексиево-Акатов женский монастырь, Воронежскую духовную семинарию, Успенский Адмиралтейский и Казанский храмы Воронежа.

    В 2002 году Указом Святейшего Патриарха Алексия II было установлено празднование Собора Воронежских святых (4/17 сентября).

    В мае 2003 года в лике местночтимых святых был прославлен святитель Антоний (Смирницкий), архиепископ Воронежский и Задонский. Деяние о прославлении святителя Антония в лике общецерковных святых было совершено на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в 2008 году.

     7 мая 2003 года определением Священного Синода (журнал № 23) Липецкая область была выведена из состава Воронежской епархии, Правящему Архиерею было определено иметь титул «Воронежский и Борисоглебский». Митрополитом Воронежским и Борисоглебским был назначен Преосвященный митрополит Солнечногорский Сергий (Фомин).

     За период с 2003 по 2011 гг. число действующих приходов на территории епархии увеличилось почти вдвое.

     В декабре 2009 года начались регулярные богослужения в новопостроенном Благовещенском кафедральном соборе. 6 декабря 2009 года в него были перенесены мощи святителя Митрофана, первого епископа Воронежского, часть мощей святителя Тихона, епископа Воронежского, Задонского, чудотворца, и мощи священномученика архиепископа Петра (Зверева), переданные Воронежской епархии из Соловецкой обители в 2009 году.

    Согласно решению Священного Синода Русской Православной Церкви от 25–26 декабря 2013 года (журнал № 137) из состава Воронежской и Борисоглебской епархии была выделена Воронежская епархия, в которую вошли: г. Воронеж, г. Нововоронеж, Верхнехавский, Каширский, Лискинский, Нижнедевицкий, Новоусманский, Рамонский, Семилукский и Хохольский районы Воронежской области, а также Успенский Дивногорский мужской монастырь, Алексиево-Акатов женский монастырь г. Воронежа и Спасо-Преображенский Толшевский женский монастырь. Правящий Архиерей Воронежской епархии митрополит Сергий получил титул «Воронежский и Лискинский».

     • Россошанская епархия (в административных границах Богучарского, Верхнемамонского, Воробьевского, Калачеевского, Каменского, Кантемировского, Ольховатского, Острогожского, Павловского, Петропавловского, Подгорненского, Репьевского и Россошанского районов Воронежской области). Епархиальному архиерею Россошанской епархии определено иметь титул «Россошанский и Острогожский».

     • Борисоглебская епархия (в административных границах Аннинского, Бобровского, Борисоглебского, Бутурлиновского, Грибановского, Новохоперского, Панинского, Поворинского, Таловского, Терновского и Эртильского районов Воронежской области). Епархиальному архиерею Борисоглебской епархии определено иметь титул «Борисоглебский и Бутурлиновский».

     В пределах Воронежской области была образована Воронежская митрополия, включающая в себя Воронежскую, Борисоглебскую и Россошанскую епархии. Главой Воронежской митрополии был назначен митрополит Воронежский и Лискинский Сергий.

     Согласно решению Священного Синода Русской Православной Церкви от 24 октября 2024 года (журнал № 108) митрополит Воронежский и Лискинский Сергий был почислен на покой в связи с достижением 75-летия. Преосвященным Воронежским и Лискинским, Главой Воронежской митрополии, назначен епископ Сызранский и Шигонский Леонтий (Козлов).

     2 декабря 2024 года  за Литургией в Храме Христа Спасителя в Москве Святейшим Патриархом Кириллом епископ Воронежский и Лискинский Леонтий возведен в сан митрополита.

     20 марта 2025 года Священный Синод Русской Православной Церкви утвердил митрополита Воронежского и Лискинского Леонтия священноархимандритом Свято-Успенского Дивногорского мужского монастыря  (журнал № 21).

● Воронежская – 1682–1696 гг.

● Воронежская и Азовская – 1696–1700 гг.

● Воронежская – 1700–1705 гг.

● Воронежская и Елецкая – 1705–1788 гг.

● Воронежская – июль 1788 г. –19/30 мая 1795 г.

● Воронежская и Черкасская – 19/30 мая 1795 г. – 5/16 апреля 1829 г.

● Воронежская и Задонская – 5/16 апреля 1829 г. – 1944 г.

● Воронежская и Острогожская – 1945–1954 гг.

● Воронежская и Липецкая – 1954–2003 гг.

● Воронежская и Борисоглебская – 7 мая 2003 г. – 25 декабря 2013 г.

● Воронежская и Лискинская – с 26 декабря 2013 г.

• 1682 – 1703 – святитель Митрофан, первый епископ Воронежский;

• 1704 – 1712 – архиепископ Арсений (Костюрин);

• 1712–1714 – митрополит Рязанский Стефан (Яворский), временно управляющий;

• 1714 –1723 – митрополит Пахомий (Шпаковский);

• 1725 – 1726 – епископ Иосиф;

• 1727 – 1730 – епископ Лев (Юрлов);

• 1730 – 1742 – епископ Иоаким (Струков);

• 1742 – 1743 – епископ Вениамин (Сахновский) Серб;

• 1743 – 1757 – епископ Феофилакт (Губанов);

• 1758 – 1761 – епископ Кирилл (Ляшевецкий);

• 1761 – 1763 – епископ Иоанникий (Павлуцкий);

• 1763 – 1767 – святитель Тихон (Соколов);

• 1767 – 1775 – епископ Тихон (Якубовский);

• 1775 – 1788 – епископ Тихон (Малинин);

• 1788 – 1794 – епископ Иннокентий (Полянский);

• 1795 – 1799 – епископ Мефодий (Смирнов);

• 10 апреля 1799 – 1 октября 1799 – епископ Афанасий (Иванов);

• 1 октября 1799 – 16 октября 1799, 26 ноября 1799 – 1810 – епископ Арсений (Москвин);

• 1810 – 1816 – епископ Антоний (Соколов);

• 1816 – 1825 – епископ Епифаний (Канивецкий);

• 1826 – 1846 – святитель Антоний (Смирницкий);

• 1847 – 1850 – архиепископ Игнатий (Семенов);

• 1850 – 1853 – архиепископ Парфений (Чертков);

• 1853 – 1864 – архиепископ Иосиф (Богословский);

• 1865 – 1886 – архиепископ Серафим (Аретинский);

• 1886 – 1890 – епископ Вениамин (Смирнов);

• 1890 – 1913 – архиепископ Анастасий (Добрадин);

• 1913 – 1920 – священномученик архиепископ Тихон (Никаноров);

• 1920 – 1922 – архиепископ Тихон (Василевский);

• 1923 – 6 января 1926 – митрополит Владимир (Шимкович);

• январь – 28 ноября 1926 –  священномученик архиепископ Петр (Зверев);

• 29 ноября – декабрь 1926 – епископ Уразовский Синезий (Зарубин), викарий Воронежской епархии, временно управляющий;

• январь 1927 – 28 февраля 1927 – митрополит Харьковский Нафанаил (Троицкий), временно управляющий;

• 28 февраля 1927 – 27 января 1928 – епископ Козловский, впоследствии – епископ Уразовский, викарий Воронежской епархии Алексий (Буй), временно управляющий;

• февраль 1928 – апрель 1928 – епископ Егорьевский Павел (Гальковский), викарий Рязанской епархии, временно управляющий;

• апрель 1928 – апрель 1929 – архиепископ Муромский Макарий (Звёздов), викарий Владимирской епархии, временно управляющий;

• 7 мая 1929 – 25 ноября 1935 – священномученик архиепископ Захария (Лобов);

• 13 ноября 1935 – 23 января 1936 – епископ Липецкий Александр (Торопов), викарий Орловской епархии, временно управляющий;

• 25 ноября 1935 – октябрь 1936 – архиепископ Петр (Соколов);

• октябрь 1936 – 6 марта 1937 – архиепископ Елецкий и Задонский Серафим (Протопопов), временно управляющий;

• 14 мая – август 1937 – епископ Моршанский Аполлос (Ржаницын), викарий Тамбовской епархии, временно управляющий;

• ноябрь 1937 – февраль 1943 – митрополит Московский Сергий (Страгородский), временно управляющий;

• март 1943 – 13 марта 1944 – епископ Курский и Белгородский Питирим (Свиридов), временно управляющий;

• 19 марта 1944 – 26 мая 1945 – архиепископ Иона (Орлов);

• май – сентябрь 1945 – архиепископ Курский и Белгородский Питирим (Свиридов), временно управляющий;

• 9 сентября 1945 – 1961 – митрополит Иосиф (Орехов);

• 1961 – 1963 – епископ Сергий (Петров);

• 1963 –1964 – епископ Никон (Лысенко);

• 1964 – 1965 – епископ Владимир (Котляров);

• 1965 – 8 февраля 1968 – архиепископ Палладий (Каминский);

• 8–27 февраля 1968 – епископ Курский и Белгородский Серафим (Никитин), временно управляющий;

• 1968 – 1972 – архиепископ Михаил (Чуб);

• 1972 – 1975 – епископ Платон (Лобанков);

• 1975 – 1982 – епископ Ювеналий (Тарасов);

• 1982 – 2003 – митрополит Мефодий (Немцов);

• 2003 – октябрь 2024 – митрополит Сергий (Фомин);

• с 24 октября 2024 – митрополит Леонтий (Козлов).

● 1682–1836 – Благовещенский собор.

● 1836–1922 – Троицкий Смоленский собор.

После захвата Троицкого Смоленского собора обновленцами Воронежские архиереи совершали богослужения в следующих храмах:

1923 – 1928 – Алексиевский собор Алексиево-Акатова монастыря,

1928 – 1932 – храм Сошествия Святого Духа на Терновой поляне,

1932 – 1936 – Успенский Адмиралтейский храм.

● 1948–2009 годы – Покровский собор.

● с 2009 года – Благовещенский собор.